Permainan ini mempunyai plot yang sama sekali tidak mengikut anime/manga. Cuba lakukan misi mengikut pangkat {D, C, B, A) dan dapat selesaikan. Hanya merupakan bahagian misiyang penting menikut cerita yang ada, serta dapat juga meyelesaikan permainan dengan sukses. Terkadang di setiap kesempatan, pemain dapat membawa partner yang dapat membantu dan kerananya dapat mengunakannya pada jangka masa yang singkat. Mereka tidak bisa tiada, begitupun kehilangan nyawanya. Masing-masing memiliki dua kemampuan istimewa yang khas. Dalam beberapa misi, terkadang muncul pula semacam boss pamungkas, semacam Gaara dua kali, Kabuto (tiga kali), dan Orochimaru pada ujung permainan.

Permainan berlanjut oleh susulan yang bertajuk Naruto: Uzumaki Chronicles 2, dan rllis ditahun 2006 di Jepun, dan seluruh penjuru dunia pada 2008.

Menurut pembasmi musuh, pengalaman jatuh ke tanah yang musti diambil, untuk membeli life point, chakra point atau skill point untuk watak Naruto. Juga mereka dapat menjatuhkan senjata, yang kemudian dapat kembali menyerap kepada chakra atau nyawa.